2024年1月26日发(作者:)
编译VASP +cell-relax +VTST
操作系统Ubuntu
1、 Intel库编译过程
(1)安装parallel_studio_xe_2019_update5_cluster_edition
输入./install_运行软件
选择Choose alternative activation
找到parallel_studio_,并导入.
Next 选择常规安装
选择安装路径,最好安装在用户目录下,而不是root:/opt/inter。例如/home/jef/intel
选择安装组件,一共只有3.8GB:
(2)修改.bashrc
Install安装后编辑当前用户目录下的.bashrc文件
gedit ~/.bashrc命令,找到/home/jef/intel/parallel_studio_xe_2019/路径。在.bashrc文件里输入source /opt/intel/parallel_studio_xe_2019/
然后重新进入终端,运行ifort -V,查看编译器的版本是否正常。
(3)编译libfftw3xf_intel.a
进入/home/jef/intel/compilers_and_libraries_2019.1.144/linux/mkl/interfaces/fftw3xf,运行make libintel64命令,产生libfftw3xf_intel.a。
2、编译VASP过程+cell-relax +VTST
(1)解压VASP安装包
把arch/_intel拷到上一级目录下改名为e,里面的
配置专门适合Intel编译器。打开此文件,把其中的OFLAG参数里加入-xhost或者O3。
(2)修改constr_cell_relax.F获得固定基矢优化结构的方法,或者将修改好的constr_cell_relax.F文件直接覆盖./src/constr_cell_relax.F的文件。
(3)VTST编译设置
解压tar zxvf 将/home/jef/vtstcode-184/vtstcode5(这是针对vasp5.4.4,如果是vasp6以上,请将替换成/home/jef/vtstcode-184/vtstcode6)目录下所有文件复制到
/home/vasp.5.4.4/src/ 中(替换 chain.F )
打开并修改 src 文件夹中的 main.F ,将
CALL CHAIN_FORCE(T_INFO%NIONS,DYN%POSION,TOTEN,TIFOR, &
LATT_CUR%A,LATT_CUR%B,IO%IU6)
大约在3250行左右
替换为
CALL CHAIN_FORCE(T_INFO%NIONS,DYN%POSION,TOTEN,TIFOR, &
TSIF,LATT_CUR%A,LATT_CUR%B,IO%IU6)
打开并修改 src 文件夹中显示出隐藏文件.objects,点击编辑,在 chain.o (第一个,约第70行)前添加以下内容,注意后面不能有空格。
bfgs.o
dynmat.o
instanton.o
lbfgs.o
sd.o
cg.o
dimer.o
bbm.o
fire.o
lanczos.o
neb.o
qm.o
opt.o
(4)编译vasp
进入/home/jef/vasp.5.4.4打开终端先输入make veryclean 然后make all.
编译完成后在 /home/jef/vasp.5.4.4/bin 中生成 vasp_gam, vasp_ncl 和 vasp_std, 将vasp_std重命名为vasp,并将vasp复制到上一级目录即/home/jef/vasp.5.4.4
打开终端输入~/.bashrc 输入export PATH=$PATH:/home/jef/vasp.5.4.4
export PATH=/home/jef/vasp.5.4.4/vtstscripts-940:$PATH
最关键,由于运行vasp存在内存限制的问题,因此需要释放内存,即在~/.bashrc文件里添加ulimit -s unlimited, 再source ~/.bashrc
最所有编译过程安装完成。
温馨提示(最好用xe_2019_update5_cluster_edition版本,不要用xe_2019_update1,不然运行VASP时会出现内存溢出现象)
需要软件资源可以联系****************
本文发布于:2024-01-26 03:13:37,感谢您对本站的认可!
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