编译VASP +cell-relax +VTST

阅读: 评论:0

2024年1月26日发(作者:)

编译VASP +cell-relax +VTST

编译VASP +cell-relax +VTST

操作系统Ubuntu

1、 Intel库编译过程

(1)安装parallel_studio_xe_2019_update5_cluster_edition

输入./install_运行软件

选择Choose alternative activation

找到parallel_studio_,并导入.

Next 选择常规安装

选择安装路径,最好安装在用户目录下,而不是root:/opt/inter。例如/home/jef/intel

选择安装组件,一共只有3.8GB:

(2)修改.bashrc

Install安装后编辑当前用户目录下的.bashrc文件

gedit ~/.bashrc命令,找到/home/jef/intel/parallel_studio_xe_2019/路径。在.bashrc文件里输入source /opt/intel/parallel_studio_xe_2019/

然后重新进入终端,运行ifort -V,查看编译器的版本是否正常。

(3)编译libfftw3xf_intel.a

进入/home/jef/intel/compilers_and_libraries_2019.1.144/linux/mkl/interfaces/fftw3xf,运行make libintel64命令,产生libfftw3xf_intel.a。

2、编译VASP过程+cell-relax +VTST

(1)解压VASP安装包

把arch/_intel拷到上一级目录下改名为e,里面的

配置专门适合Intel编译器。打开此文件,把其中的OFLAG参数里加入-xhost或者O3。

(2)修改constr_cell_relax.F获得固定基矢优化结构的方法,或者将修改好的constr_cell_relax.F文件直接覆盖./src/constr_cell_relax.F的文件。

(3)VTST编译设置

解压tar zxvf 将/home/jef/vtstcode-184/vtstcode5(这是针对vasp5.4.4,如果是vasp6以上,请将替换成/home/jef/vtstcode-184/vtstcode6)目录下所有文件复制到

/home/vasp.5.4.4/src/ 中(替换 chain.F )

打开并修改 src 文件夹中的 main.F ,将

CALL CHAIN_FORCE(T_INFO%NIONS,DYN%POSION,TOTEN,TIFOR, &

LATT_CUR%A,LATT_CUR%B,IO%IU6)

大约在3250行左右

替换为

CALL CHAIN_FORCE(T_INFO%NIONS,DYN%POSION,TOTEN,TIFOR, &

TSIF,LATT_CUR%A,LATT_CUR%B,IO%IU6)

打开并修改 src 文件夹中显示出隐藏文件.objects,点击编辑,在 chain.o (第一个,约第70行)前添加以下内容,注意后面不能有空格。

bfgs.o

dynmat.o

instanton.o

lbfgs.o

sd.o

cg.o

dimer.o

bbm.o

fire.o

lanczos.o

neb.o

qm.o

opt.o

(4)编译vasp

进入/home/jef/vasp.5.4.4打开终端先输入make veryclean 然后make all.

编译完成后在 /home/jef/vasp.5.4.4/bin 中生成 vasp_gam, vasp_ncl 和 vasp_std, 将vasp_std重命名为vasp,并将vasp复制到上一级目录即/home/jef/vasp.5.4.4

打开终端输入~/.bashrc 输入export PATH=$PATH:/home/jef/vasp.5.4.4

export PATH=/home/jef/vasp.5.4.4/vtstscripts-940:$PATH

最关键,由于运行vasp存在内存限制的问题,因此需要释放内存,即在~/.bashrc文件里添加ulimit -s unlimited, 再source ~/.bashrc

最所有编译过程安装完成。

温馨提示(最好用xe_2019_update5_cluster_edition版本,不要用xe_2019_update1,不然运行VASP时会出现内存溢出现象)

需要软件资源可以联系****************

编译VASP +cell-relax +VTST

本文发布于:2024-01-26 03:13:37,感谢您对本站的认可!

本文链接:https://www.4u4v.net/it/1706210017613.html

版权声明:本站内容均来自互联网,仅供演示用,请勿用于商业和其他非法用途。如果侵犯了您的权益请与我们联系,我们将在24小时内删除。

标签:安装   运行   文件   内存   目录   打开
留言与评论(共有 0 条评论)
   
验证码:
排行榜

Copyright ©2019-2022 Comsenz Inc.Powered by ©

网站地图1 网站地图2 网站地图3 网站地图4 网站地图5 网站地图6 网站地图7 网站地图8 网站地图9 网站地图10 网站地图11 网站地图12 网站地图13 网站地图14 网站地图15 网站地图16 网站地图17 网站地图18 网站地图19 网站地图20 网站地图21 网站地图22/a> 网站地图23