RDKit

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文章目录

• 一、描述符计算模块
• • 1.rdkit.Chem.Lipinski模块
  • 2.rdkit.Chem.Descriptors模块
  • 3.rdkit.ML.Descriptors.MoleculeDescriptors模块
• 二、原子描述符可视化
• • 1.原子partial charge可视化
  • 2.原子logP可视化

一、描述符计算模块

1.rdkit.Chem.Lipinski模块

rdkit中提供了许多描述符的计算方法，可用于分子筛选、成药性评估等。以lipinski类药的相关规则为例，可以通过rdkit.Chem.Lipinski模块进行计算。常用的一些性质举例：

• 氢键受体数NumHAcceptors
• 氢键供体数NumHDonors
• 可旋转键数NumRotatableBonds
• 脂肪环数量NumAliphaticRings
• 芳香环数量NumAromaticRings
• SP3杂化碳原子比例FractionCSP3
• ……

>>> from rdkit import Chem
>>> from rdkit.Chem import Lipinski
>>> mol = Chem.MolFromSmiles('c1ccccc1C(=O)O')
>>> Lipinski.NumHAcceptors(mol)
1

• 将描述符名称(key)和值(val)添加到分子属性中：m.SetProp(key, val)
• 获取分子属性：m.GetProp(key)

>>> Ha = Lipinski.NumHAcceptors(mol)
>>> mol.SetProp('Ha', '%s'%Ha)
>>> mol.GetProp('Ha')
'1'

2.rdkit.Chem.Descriptors模块

大部分的描述符都可以通过rdkit.Chem.Descriptors模块进行计算。该模块也包含了Lipinski的描述符。常用的一些描述符举例：

• 分子量MolWt
• 脂水分配系数MolLogP
• 拓扑极表面积TPSA
• 以计算TPSA为例：Descriptors.TPSA()

>>> from rdkit.Chem import Descriptors
>>> print(Descriptors