Chemical

Chemical

Chemical-Reaction-Aware Molecule Representation Learning阅读笔记

• • 问题一：使用pysmiles对Smiles格式数据的具体处理过程
  • • • 1. **SMILES格式**
      • 2. **SMILES在REACTION中的写法**
      • 3. 论文中的实际处理
  • 问题二：输入模型时的维度匹配问题

问题一：使用pysmiles对Smiles格式数据的具体处理过程

1. SMILES格式

1.1 在SMILES表达式中，往往会去掉H元素，比如甲烷CH4用SMILES表达式来表达的话就是C；

1.2 双键用=来表示，比如C(=O)=O表示一个二氧化碳；

1.3 三键用#来表示，用法与双键一样；

1.4 主干线不加标记，分支加圆括号，比如上面提到的二氧化碳，第一个O原子不在主分支上，因此加了括号；

1.5 不成键的分