matlab nan(nobs,作业2

matlab nan(nobs,作业2

备注：待亲手实验

讲评：

(1)编译器参数：

改makefile

1.降精度 -O3：精度误差累加可能会出错

2.xHost：intel编译优化，告诉编译器生成编译主机处理器上可用的最高指令集的指令。无脑加就行。

3.开向量模块(intel编译器)

修改过的makefile

FC=ifort

LD=ifort

FFLAGS= -qopenmp -mcmodel=large -O3 -xHost //增加 -O3 -xHost

main.b: main.o Covariance1.o Covariance.o check.o

${FC} ${FFLAGS} main.o Covariance1.o Covariance.o check.o-o main.b

main.o: main.f90

${FC} ${FFLAGS}-c main.f90

Covariance1.o: Covariance1.f90

${FC} ${FFLAGS}-c Covariance1.f90

Covariance.o: Covariance.f90

${FC} ${FFLAGS}-c Covariance.f90

check.o: check.f90

${FC} ${FFLAGS}-c check.f90

clean:rm -rf *.o *.i main

(2)改代码

1.函数inline可以跨文件，直接拷过来

2.fortran：列优先，若代码为行逻辑则考虑先矩阵转置(可并行可分块，按cache层)；

fortran语言：先声明，后申请空间(数组)，然后才是语句

修改后converiance代码SUBROUTINE FindCOV(NVAR, NROW, NV, M1Type, COV)

IMPLICIT NONE

INTEGER, INTENT(IN) :: NVAR!Number of variables

INTEGER, INTENT(IN) :: NROW!Number of rows inMType

INTEGER, INTENT(IN) :: NV!Number of cals inMType

REAL*8, INTENT(IN) :: M1Type(NVAR, NROW) !Data used to calculate covariance

REAL*8, INTENT(INOUT) :: COV(NVAR, NV) !Covariance matrix, output

INTEGER :: IVar1

INTEGER :: IVar2

INTEGER :: I2

REAL*8, ALLOCATABLE::MType(:, :)//数组声明

REAL*8,EXTERNAL :: Covariance

ALLOCATE(MType(NROW, NVAR))//数组申空间!$OMP PARALLEL DO private(IVar1,IVar2) shared(M1Type, MType) schedule(guided) //并行，每个并行块都要写

DO IVar1= 1, NVAR//数组转置

DO IVar2= 1, NROW

MType(IVar1, IVar2)=M1Type(IVar2, IVar1)

ENDDO

ENDDO!$OMP END PARALLEL DO!$OMP PARALLEL DO private(IVar1,IVar2,I2) shared(NVAR,COV,MType) schedule(guided) //并行 加调度参数

DO IVar1= 1, NVAR

DO IVar2= 1, NV

I2= mod(IVar1 + IVar2 - 1, NVAR) + 1COV(IVar1, IVar2)=Covariance(NROW, MType(:,IVar1), MType(:,I2))//正确遍历：列优先//fortran冒号：隐含遍历ENDDO

ENDDO!$OMP END PARALLEL DO

RETURN

END SUBROUTINE FindCOV!DEC$ ATTRIBUTES FORCEINLINE :: Covariance

REAL*8FUNCTION Covariance(NObs, X1, X2)

IMPLICIT NONE

INTEGER, INTENT(IN) :: NObs

REAL*8, INTENT(IN) :: X1(NObs)

REAL*8, INTENT(IN) :: X2(NObs)

INTEGER :: IObs, NumMissing

REAL*8:: MeanX1, MeanX2

LOGICAL :: IsMissingPheno//将外面的函数拷进来，删掉external，一开始把external的函数忽略了。。

NumMissing=0MeanX1=0.0MeanX2=0.0Covariance=0.0

!!$OMP PARALLEL DO private(Iobs) shared(Covariance, X1, X2, NObs) schedule(guided)

DO IObs=1, NObs

IF(ISNAN(X1(IObs)) .OR.& //IsMissngPheno的展开ISNAN(X2(IObs)) .OR.&ABS(X1(IObs)-65.0) .LE. 1.e-03 .OR. ABS(X2(IObs)-65.0) .LE. 1.e-03) THEN

NumMissing=NumMissing+1ELSE

MeanX1=MeanX1+X1(IObs)

MeanX2=MeanX2+X2(IObs)

Covariance=Covariance+X1(IObs)*X2(IObs)

ENDIF

ENDDO!!$OMP END PARALLEL DO

MeanX1=MeanX1/(NObs-NumMissing)

MeanX2=MeanX2/(NObs-NumMissing)

IF(NObs-NumMissing .LE. 0) THEN

Covariance=0.0ELSE

Covariance=Covariance/(NObs-NumMissing)-MeanX1*MeanX2

ENDIF

RETURN

END FUNCTION Covariance

经过：

(1)将本地文件传到服务器：使用pscp显示unreachable。下载xshell 使用rz传：

下载完xshell觉得很好看，我要舍弃putty了。

(2)解压zip：unzip+名字

.html

(3)运行，需要编译。f90是fortran，需要ifort编译。

按ifort：服务器上有

使用命令： module load intel/2017.6.064 (module：环境模块 .html)

如何编译：.html ：

1.直接生成可执行文件

假如我们手头上有一个intel的fortran编译器进行编译，就要采用如下命令：

ifort global.f90 main.f90 function1.f90 subrouine1.f90

这样会自动生成文件a.out，这是一个可执行文件。如果想让生成的可执行程序有一个名字，将命令改成

ifort-o execname global.f90 main.f90 function1.f90 subrouine1.f90

即可。

输入命令

./execname

即可执行该程序。

这个题的readme写了直接make就行。一开始make报错是因为没有load ifort，load完直接make就可以了。运行要等好久，我还以为卡了。。

(4)安装VTune：

教程：

注册试用版最多需要两天，还要等。