【Rosetta】RoseTTAFold安装

【Rosetta】RoseTTAFold安装

1、下载

git clone 

cd RoseTTAFold

2、配置环境
cuda11

conda env create -l

cuda10

conda env create -l

3、下载权重文件并解压

wget .
tar xfz 

4、安装依赖

./install_dependencies.sh

5、下载数据库
uniref30 [46G]解压后194.3G

wget .
mkdir -p UniRef30_2020_06
tar xfz UniRef30_2020_06_ -C ./UniRef30_2020_06

BFD [272G]解压后1.9T

wget .sorted_
mkdir -p bfd
tar xfz bfd_metaclust_clu_complete_id30_c90_final_seq.sorted_ -C ./bfd

structure templates[122.9G]解压后716.1G

wget .
tar xfz pdb100_

6、安装pyrosetta
[1]创建conda环境

conda env create -l

[2]激活环境

conda activate folding

[3]安装pyrosetta

conda install --channel levinthal:paradox&#aylab.jhu.edu pyrosetta=2021.29+release.d8f5566

[4]测试

python
>>>import pyrosetta

7、使用测试

cd example
../run_e2e_ver.sh input.fa .
../run_pyrosetta_ver.sh input.fa .

8、psipred core dumped 问题解决
从github重新下载

git clone .git

进入文件夹下到src目录

cd psipred-master
cd src

修改sspred_avpred.c文件的241行

    char            buf[256], *p;

将256改为512

    char            buf[512], *p;

保存后编译

make

之后该文件夹下会出现chkparse、psipass2、psipred、seq2mtx四个文件
将其覆盖到conda环境下

/anaconda3/envs/RoseTTAFold/bin

问题解决