pymol怎么做底物口袋表面

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1. DMSO影响结晶吗？

影响，尽量不要用DMSO。

2. 糖基化和磷酸化都影响结晶吗？

磷酸化不太影响，糖基化影响比较大。但是糖基化修饰蛋白要不要去糖得试了才知道，不是说去糖就一定更好。

3. 结构生物学预算：

结构一般的预算就是文章影响因子每1分10万。

4. 衍射数据处理，用HKL3000/2000对数据处理，不解析结构, 价格是多少？

价格是2500元，交付.sca和.log文件。

5. 分子对接方式

对于蛋白和小分子对接：Autodock vina 对接；

对于蛋白和蛋白分子对接：我们用ZDOCK

交付结果中会标注所有的关键氨基酸残基。包括距离和残基链接方式，比如：

6. 底物类似物是什么 (Substrate analogs)？

就是能结合蛋白的，跟底物结构很像，但是不与蛋白发生反应的分子。在共结晶的时候通常需要底物类似物，而不是底物。

直接用底物与蛋白结晶，会发生反应，通常没有办法得到共结晶。如果蛋白催化的是一个可逆反应，那么另当别论，我们已经做出好多个成功案例。

7. 常用结构生物学软件及教程：

结构模型查看，分析及作图软件：PyMol, Discovery Studio, Chimera等(网上都有免费版本下载)；

PyMol