bam文件批量统计

bam文件批量统计

一、平台

win11 Ubuntu20.0

1.1 qualimap安装

软件官方地址 Qualimap: Evaluating next generation sequencing alignment data (conesalab)

conda install -c bioconda qualimap

1.2 multi-bamqc

qualimap --java-size 10G multi-bamqc -r -d bam_sample_ -outdir outputdir -outformat PDF:HTML 

bam_sample_ 两列或三列

如：

sample1 /mnt/e/bam/sample1.bam group1

sample2 /mnt/e/bam/sample2.bam group1

sample3 /mnt/e/bam/sample3.bam group2

sample4 /mnt/e/bam/sample4.bam group2

-r:输入bam文件

--java-size 10G防止内存不够，可以适当调整

参考：

基因组质量评估：（五）mapping法：5. 用软件QualiMap统计BAM文件 - 知乎 (zhihu)