【plink】如何把基因型数据ATCG格式转换为012之一

【plink】如何把基因型数据ATCG格式转换为012之一

plink官网：Data management - PLINK 1.9

命令：将基因型数据转化为012的raw格式

plink --file DD --recodeA --out DD_test_A#结果文件 DD_test_A.raw

查看具体说明：

--recodeA  : snp的major变为了0, snp的minor变为了2, 杂合变为了1.

具体查看：

plink --bfile DD --recodeA --out DD_test

plink --bfile DD --recodeAD --out DD_test_AD

原始ped

--recodeA ： 一个SNP标记只有1列,纯合转换为02，杂合为1（如TT 替换为0,  0是major ; AA 替换为2 ; AT 替换为1）

 --recodeAD：一个标记有2列 （TT 替换为00，AA替换为20 ；TC 替换为11）

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