WinSNPGT

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WinSNPGT-mkRef：WinSNPGT的构件自定义基因组的扩展插件

• • 💡 总体介绍
  • 🔍 测试数据
  • 🌟 安装
  • 🌟 使用方法
  • 🌟 VCF2Geno
  • 👥 联系我们

💡 总体介绍

• 我们开发了一个在Windows系统上调用变种位点的工具包 WinSNPGT，对于那些Linux操作经验很少的人来说非常友好。它可以获得我们数据集中指定的 SNP 位点的原始测序数据的基因型。 WinSNPGT-mkRef是WinSNPGT的扩展功能插件，为用户提供自定义参考基因组构建功能。
• 以下是该工具包的安装和使用说明。

🔍 测试数据

• WinSNPGT-mkRef 需要 物种基因组 ( *.fast a / .fa ) 和 SNP 位点文件（.bim） 作为输入。
• 发布包中不包含example-data文件，可以从 example-data下载

🌟 安装

• 下载 Make_RefGenome.zip 压缩包
• 解压到 Make_RefGenome/, 并移入 WinSNPGT 安装目录下
• 进入 Make_RefGenome/，双击 install.bat, 即可完成安装
  

🌟 使用方法

• 双击 SNPGT-build 启动软件

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  #########################################################################Program: SNPGT-build (Tools for make RefGenome)Usage:1. Put the whole genome reference sequence and SNP site information(bim file)of the species into 00.Make_Reference_Genome/2. Enter species name and Strain information
  

• 输入物种名
• SNP位点数量
• 群体纯杂合类型
  
• 运行结束后，再次打开 WinSNPGT
• 教程步骤 4 选择物种与数据集（Species and Dataset）中会出现新数据选项

🌟 VCF2Geno

• 我们开发了一个在Windows系统上快速将VCF转换为标准格式的GenoType文件。
• 下载链接

👥 联系我们

• 邱杰 Jie Qiu (qiujie@shnu.edu)
• 朱旻 Min Zhu (zer0min@outlook)
• 陈嘉欣 Jiaxin Chen (jxchen1217@gmail)