计算多样性指数

计算多样性指数

计算多样性指数
#设置工作目录
setwd(“F:论文博士文章1数据”)
#需要加载vegan包和picante包，没有安装需要先安装
library(vegan)
library(picante)
library(readxl)
library(vegetarian)
library(writexl)
#读入抽平后的otu表
a = read_excel(“6agb株丛数.xlsx”,sheet = “原整理好数据”)
a

#将otu数据转置
otu <- t(a)
otu1 <- as.data.frame(otu)
otu2 <- otu1
colnames(otu2)=otu1[1,]
otu3 <- otu2[-1,]
otu4 =as.data.frame(lapply(otu3,as.numeric))#将表格变为数字格式**
otu4

shannon <- diversity(otu4,index = “shannon”,MARGIN = 2,base = exp(1)) ## Shannon 多样性指数， MARGIN=1 计算行的多样性 index默认为“shannon”

simpson <- diversity(otu4,index = “simpson”,MARGIN = 2,base = exp(1)) ## Simpson多样性指数

SR <- specnumber(otu4,MARGIN = 2) ## 物种丰富度：相当于每一行大于0 (生物量、盖度或多度) 的物种数

Pielou <- shannon/log(SR) ##均匀度指数

diversity <- data.frame(shannon,simpson,SR,Pielou) ##将物种丰富度、Shannon多样性指数、Simpson多样性指数和Pielou’ 均匀度指数放置在一个数据框中

write_xlsx(diversity,“F:/论文/博士文章1/数据/8-diversity.xlsx”)