10X cellranger count 后的数据认识和使用

10X cellranger count 后的数据认识和使用

对SRR7722937的三个fastq文件运行cellranger count ，完成后得到结果文件存于SRR7722937，打开其下的outs文件夹

 下游分析所需的是红框的文件，利用R读入以上文件，形成expression_matrix

#!/usr/bin/R
library(Matrix)
cellbarcodes <- read.table("./barcodes.tsv")
genenames <- read.table("./genes.tsv")
molecules <- Matrix::readMM("./")
rownames(molecules) <- genenames[,1]
colnames(molecules) <- cellbarcodes[,1]
#expression_matrix_df 是该样品的表达矩阵,行是gene，列是cell_barcode
expression_matrix_df <- as.data.frame(as.matrix(molecules))