qiita上传和分析16S rRNA数据

qiita上传和分析16S rRNA数据

qiita（/）是一个用于微生物组学研究的在线工具和资源库平台。

上传数据

1. 注册并登陆

2. 准备样品序列文件及meta信息和preparation文件

样品序列文件：后缀可以为fastq&#，fasta，fna，不可以为fq等

meta文件：后缀可以为txt和tsv，第一列列名必须为sample_name，后面各列为样品meta信息，列名中不能出现空格（可以使用下划线_代替），样品名中不能出现“-”，列与列之间以table键分隔。

sample_name	Gender	Age	Caries
S1	Male	Prime	No
S2	Male	Youth	Yes
S3	Female	Prime	No

preparation文件格式：后缀可以为txt和tsv，第一列列名必须为sample_name，后面各列为样品测序信息，run_prefix为序列文件的前缀，如S1样品对应的序列文件为S1.R1.fastq,S1.R2.fastq；platform为测序平台信息，target_gene为测序基因（如16S rRNA，WMS等）；target_subfragment为测序区域；列与列之间以table键分隔。

sample_name	run_prefix	platform	target_gene	target_subfragment
S1	S1	Illumina	16S rRNA	V3-V4
S2	S2	Illumina	16S rRNA	V3-V4
S3	S3	Illumina	16S rRNA	V3-V4

3. 创建项目并填写必要的相关信息

已经创建的项目可以通过点击Study-》View Studies查看

4. 选择Upload Files，单击select from your computer上传序列文件，样品meta信息文件及preparation文件（如果要通过服务器上传文件，则需要服务器可以通过外网登陆访问，所以一般我们是用本地上传比较多）

5. 点击<< Go to study description，返回研究介绍页面，单击左侧的Sample Information，点击Choose file选择上传的meta信息文件，data type选择16S，点击Create完成样品信息上传

6. 在新的页面中Updata sample information的Choose file内选择上传的preparation文件，单击右侧的Update完成样品上传

数据基础分析

点击左侧的样品信息，会出现样品分析网络界面,点击Add Default Workflow，再点击Run，可以执行默认的分析操作，包括Split Libraries FASTQ，data trimming，Deblur和Pick closed-reference OTUs操作，最终得到biom格式的feature table

数据进一步分析

1. 点击生成的biom文件（三角符号），点击下方的Add to Analysis按钮，添加数据（可以添加多组数据到同一个analysis中）。Deblur结果通常选择deblur reference hit table添加到analysis中。

2. 添加完成后页面右上角从右数第二个图标会变成绿色，点击这个图标

3. 在这里可以删除选择的样品，最后点击Create Analysis，填写相关信息后点击Create analysis按钮可以生成一个Private的数据分析项目

这两个三角一个包括进化树，一个不包括，如果要做涉及到进化树的alpha/beta diversity，应该选择包含进化树的那一个三角形。

已经创建的分析项目，可以通过点击主页的Analysis-》See Previous Analyses查看

4. 点击图中代表biom文件的三角形，点击下方的Process按钮可以选择要进行的分析操作